۱. نامه‌ی تهدیدآمیز و حامل سرزنش محمد یزدی، دبیر جامعه مدرسین حوزه علمیه قم و دبیر شورای عالی حوزه‌های علمیه٬ به موسی شبیری زنجانی٬مرجع تقلید شیعه، با واکنش‌ها و اعتراض‌های متعددی روبرو شده است.
یزدی در واپسین جمله‌ی نامه‌ی خود خطاب به شبیری زنجانی نوشته است«لازم است شؤون مرجعیت را رعایت فرموده و ترتیبی اتخاذ فرمایید این گونه مسائل دیگر تکرار نگردد.»
از جمله‌ی معترضین صاحب‌نام به این جمله، علی مطهری، نائب‌رئیس دوم مجلس است که با لحنی اعتراضی از محمد یزدی پرسیده «آیا شؤون مرجعیت را جناب‌عالی بهتر از خود مراجع تشخیص می‌دهید؟ مگر مردم برده شما هستند که باید با اجازه شما به ملاقات این و آن بروند؟!… [شما]این جمله را که به این مرجع عالیقدر دستور می‌دهید «این گونه مسائل دیگر تکرار نگردد» از چه موضعی می‌فرمایید.»
عبدالله نوری، وزیر اسبق کشور، نیز در نامه‌ای جداگانه سوال مشابهی را از محمد یزدی پرسیده و نوشته «جناب آقای یزدی شما با چه حقی به معظم‌له با ادبیاتی زننده و توهین‌آمیز می نویسید: «لازم است این احترام و شئون مرجعیت را رعایت فرموده و ترتیبی اتخاذ فرمائید اینگونه مسائل دیگر تکرار نگردد»؟ راستی شما هیچگاه به ذهنتان آمده است که از چه شأن و جایگاهی درون و برون حوزه های علمیه برخوردارید که حتی با بزرگان حوزه ایمان و عقیده مردم اینگونه سخن می گویید؟
۲. موسی شبیری زنجانی، در سال ۱۳۷۳ ، بر خلاف سنت پیشین و رایج شیعه، از سوی جامعه مدرسین حوزه علمیه‌ی قم، که اینک محمد یزدی ریاست آن‌را به عهده دارد، به‌عنوان مرجع تقلید معرفی شد. سایت تاریخ ایرانی ماجرای درگذشت آیت‌الله اراکی و معرفی هفت مرجع تقلید شیعه را چنین روایت کرده است:
ساعات نخست بامداد چهارشنبه ۹ آذر ۱۳۷۳ صدا و سیما با قطع برنامه‌های عادی خود خبر وفات آیت‌الله اراکی را اعلام کرد.[…] یک روز پس از درگذشت آیت‌الله اراکی جامعه، روحانیت مبارز تهران با صدور بیانیه‌ای حضرات آیات خامنه‌ای، فاضل لنکرانی و میرزا جواد آقا تبریزی را به عنوان علمای جایزالتقلید اعلام کرد.[…] فردای آن روز، جامعه مدرسین حوزه علمیه قم نیز با صدور بیانیه‌ای اسامی هفت نفر از علمای کشور را به عنوان مراجع جایزالتقلید اعلام کرد. علاوه بر سه مجتهد مذکور در لیست جامعه روحانیت، نام حضرات آیات عظام محمدتقی بهجت، حسین وحید خراسانی، سید موسی شبیری زنجانی و ناصر مکارم شیرازی در لیست مورد نظر این نهاد حوزوی به چشم می‌خورد. بعد‌ها اعلام شد که اسامی این لیست به ترتیب آرای موافق آن‌ها در جلسه جامعه مدرسین نوشته شده بود.( منبع: تاریخ ایرانی، اینجا)
۳. اگرچه یکی از راه‌های شناخت مرجع تقلید معرفی آن توسط «علمای مورد اطمینان» است اما به‌نظر نمی‌رسد که این نوع معرفی و شناخت، به ضرورت‌های سیاسی و یا بدون مراجعه مقلد به آن‌ها صورت بگیرد. در سال ۱۳۷۳ مراجع تقلید مشهوری از جمله مرحوم منتظری و سیستانی ( و مراجعی دیگر) نیز حضور داشتند و شائبه‌ی اصلی این معرفی‌ها سیاسی و مخصوصا قرار داشتن حسین‌علی منتظری در جایگاه مرجعیت بود. با این‌همه مجمع مدرسین راه خود را رفت و دیر یا زود مرجعیت این هفت نفر از جمله از سوی خود آنان پذیرفته شد.
حال اگر محمد یزدی، در پاسخ به مطهری و نوری و دیگر مدعیان استقلال نهاد مرجعیت، شأن حقوقی خود در جایگاه ریاست مجمع مدرسین حوزه علیمه قم را یادآوری کند و مدعی شود: نهادی که امکان معرفی و انتصاب روحانیان به مرجعیت تقلید را دارد، جایگاه و شانیت استیضاح و حتی برکناری آنان را نیز دارد، نه تنها سخنی بی‌ربط نگفته است و چه بسا این ادعایش اغلب معقول و منطقی هم به‌نظر می‌رسد. یزدی حتی می‌تواند مدعی شود که نهادی که به اذن و اختیارش می‌تواند به معرفی مراجع وارد شود، به اذن و اختیار خودش هم می‌تواند به استیضاح و برکناری آنان نیز ورود کند، قاعده این بازی، سیاسی است و همه‌ی کسانی که این قاعده را پذیرفته و از آن برخوردار شده‌اند باید تسلیم قدرت و سیاست روز باشند.
و این‌جاست که باید باز هم خطای تاریخی روحانیان و سیاست‌مداران را در سیاسی کردن دین باید به آنان گوشزد کرد تا پر خویش در آن ببینند و بدانند سر چشمه شاید گرفتن به بیل/ چو پر شد نشاید گذشتن به پیل.