زیتون-علی مطهری٬ نماینده مردم تهران در مجلس٬ در پاسخ به سخنان اسماعیلی سخنگوی قوه قضائیه در مورد زندانیان سیاسی و امنیتی، نوشت: «اسماعیلی سخنگوی قوه قضائیه در پاسخ به انتقاد افرادی از جمله اینجانب به این رویه در قوه قضائیه که متهمان یا مجرمان سیاسی را متهم یا مجرم امنیتی می‌نامند و در نتیجه از مزایای قانون جرم سیاسی بی‌بهره می‌مانند، گفته‌اند سیاسی نامیدن مجرمان امنیتی جفای به انقلاب است.»
او ادامه داد: «من می‌گویم اکنون عکس این قضیه اتفاق افتاده و امنیتی نامیدن مجرمان سیاسی جفای به انقلاب است. آنگاه ایشان مغالطه می‌کند و می‌گوید آیا وابستگی به منافقین، جاسوسی، جرم مجرمان خیابان پاسداران، اهانت به مقدسات اسلام، سب النبی، اهانت به ائمه و حضرت زهرا، عضویت در داعش و پژاک جرم سیاسی است؟»
غلامحسین اسماعیلی، سخنگوی قوه قضاییه٬ ۱۱ تیرماه گفته بود: «واقعا زندانی سیاسی نداریم».
یک روز پس از آن علی مطهری ضمن اعتراض به سخنان اخیر سخنگوی قوه قضاییه٬ تاکید کرد که این ترفند نهادهای امنیتی و قوه قضاییه است که جرم سیاسی را به جرم امنیتی تغییر نام می دهند.
سخنگوی قوع قضاییه اما این واکنش مطهری و دیگر معترضین را «جفای به انقلاب» خواند.
مطهری در پاسخ به این ادعای سخنگوی قوه قضاییه یک یادداشتی برای وب سایت عصر ایران نوشت. او در این یادداشت تاکید کرد: «این در حالی است که ما از ابتدا گفتیم ملاک و معیار جرم امنیتی اقدام عملی و مسلحانه است. بله، وابستگی به منافقین و سایر گروههای تروریستی مثل داعش و پژاک جرم امنیتی است اما اظهارنظر حتی اگر شامل توهین به مقامات عالی کشور باشد اتهام یا جرم امنیتی نیست بلکه اتهام یا جرم سیاسی است.»
او افزود که مسئله سب النبی و اهانت به ائمه و حضرت زهرا داستان دیگری دارد، نه جرم امنیتی است و نه جرم سیاسی، حکم آن در فقه مشخص است.
بیشتر بخوانید: بیانیّه‌ی تحلیلی جمعی از نواندیشان دینی ایرانی در نقد قانون «توهین به مقدّسات»
این نماینده مجلس در ادامه نوشت: «ریشه اظهارنظر آقای اسماعیلی از تعبیر «جرم سیاسی» همان است که قبلاً گفته‌ام که امثال ایشان یک قداست کاذب به معنی غیرقابل انتقاد بودن برای نظام جمهوری اسلامی قائل هستند که به موجب آن هر منتقد و مخالفی را برانداز و اتهام او را اتهام امنیتی می‌دانند، لذا می‌گویند اساساً ما متهم یا مجرم سیاسی نداریم.»
مطهری تاکید کرد کههمین افراد هستند که به نظام جمهوری اسلامی ضربه می‌زنند و مشکلات حقوق بشری برای کشور ایجاد می‌کنند.
او در ادامه نوشت: «از ایشان سؤال می‌کنم معترضان به انتخابات سال ۸۸ متهم سیاسی بودند یا امنیتی؟ و اصولاً کسی که به روند یک انتخابات معترض باشد امنیتی است یا سیاسی؟ یا ستار بهشتی که در وبلاگ خود حداکثر به برخی مقامات کشور توهین کرده بود و زیر شکنجه از دنیا رفت متهم سیاسی بود یا امنیتی؟ همین طور خبرنگاران و دانشجویانی که هر از چند گاهی بازداشت می‌شوند متهم یا مجرم سیاسی هستند یا امنیتی؟»